分子互作實驗CLIP交聯(lián)免疫共沉淀

一、技術(shù)簡介

CLIP(Cross-linking immunoprecipitation，交聯(lián)免疫共沉淀）通過結(jié)合UV交聯(lián)和免疫共沉淀的方法來分析蛋白與RNA相互作用的結(jié)合位點。

二、技術(shù)原理

CLIP技術(shù)利用紫外線照射使細(xì)胞內(nèi)的RNA與RNA結(jié)合蛋白（RBP）發(fā)生共價交聯(lián)，隨后通過免疫沉淀的方法富集與特定RBP結(jié)合的RNA片段，再經(jīng)過逆轉(zhuǎn)錄和高通量測序等步驟，獲取RBP在體內(nèi)的RNA結(jié)合位點和結(jié)合序列信息。

三、應(yīng)用場景

1.蛋白質(zhì)-RNA相互作用研究：確定特定蛋白質(zhì)在體內(nèi)的RNA結(jié)合位點和結(jié)合序列，揭示蛋白質(zhì)在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中的作用機(jī)制。

2.疾病相關(guān)研究：通過比較正常和疾病狀態(tài)下RBP的RNA結(jié)合情況，發(fā)現(xiàn)與疾病發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的RNA結(jié)合事件和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

3.藥物研發(fā)：為藥物研發(fā)提供新的靶點和作用機(jī)制，幫助開發(fā)針對特定RNA結(jié)合蛋白或其調(diào)控的RNA分子的藥物。

4.生物信息學(xué)分析：通過對CLIP-seq數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析，預(yù)測RNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點和結(jié)合模式，構(gòu)建RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)等。

四、技術(shù)優(yōu)勢

1.體內(nèi)原位檢測：能夠在活體細(xì)胞內(nèi)捕獲蛋白質(zhì)和RNA的相互作用，真實反映體內(nèi)的生理狀態(tài)。

2.較高特異性和嚴(yán)格的純化：通過特異性抗體或標(biāo)簽純化交聯(lián)復(fù)合物，可有效去除非特異性結(jié)合的RNA和蛋白質(zhì)，提高結(jié)果的可信度。

3.結(jié)合高通量測序：與高通量測序技術(shù)結(jié)合，可在全基因組范圍內(nèi)鑒定RBP的RNA結(jié)合位點和結(jié)合序列，獲取豐富的信息。

五、樣本類型

新鮮細(xì)胞（貼壁細(xì)胞/懸浮細(xì)胞），紫外交聯(lián)后細(xì)胞樣本。

六、樣本需求

細(xì)胞樣本：約1×10^7個（可以是1個10cm皿，或以懸浮細(xì)胞形式存儲于離心管中，或1個T75瓶）；

交聯(lián)細(xì)胞樣本：254 nm，150 mJ/cm2標(biāo)準(zhǔn)UV交聯(lián)處理細(xì)胞。

七、樣本準(zhǔn)備&運輸

活細(xì)胞樣本：距離較近的可以將養(yǎng)在皿/T75瓶/離心管內(nèi)的新鮮細(xì)胞樣本常溫快遞（最遲次日達(dá)）運輸，本市內(nèi)可閃送或親自遞送；

交聯(lián)后細(xì)胞樣本：-80℃凍存干冰運輸。

八、需提供的試劑

檢測用ChIP級抗體。

九、實驗周期

1-2周（不包含測序）

十、其他

后續(xù)檢測選擇RT PCR時，需提供后續(xù)檢測的位點。